善正寺は元々「高見山慶蔵院宝成寺」という真言宗の寺院で、佐伯郡上小深川村（現：五日市町上小深川）にありました。
寬正3年3月（1462年）、俊宏が住職の時代に真言宗から浄土真宗に改宗し「慶蔵坊」と名を変えた後、文明年間（1469年～1486年）に佐伯郡利松村鳴渓（現：五日市町石内）へ移転しました。現在の山号である「鳴溪山」 はここに由来します。
かつての名残は現在も旧地に残されており、五日市町上小深川には宝成寺の高見薬師堂と記念碑が、五日市町石内には慶蔵坊の記念碑が、地元の人々によって立派に保存されています。

佐伯郡利松村鳴渓に移転して約百年余り後、毛利輝元が広島城を築城し、城下の町割りをしたとき、政治的な理由から安芸国の旧領主・武田氏の菩提寺である「仏護寺」（現：広島別院）を復興し、当時勢力を誇った十二坊に数々の特権や待遇を与え仏護寺共々、城下の一所に集める政策をとりました。その十二坊のひとつであった慶蔵坊は「善正寺」と名を改め、現在の寺町に寺地を賜わります。
善正寺と名を改め以後約400年間、旧広島市はもとより多方面にご門徒をもち、安芸の真宗寺院として存続してまいりましたが、昭和20年8月6日、原子爆弾により当時の住職を失い、伽藍は全焼壊滅、ご門徒も四散し存亡の危機を迎えました。
そして戦後、当時の坊守や先代の住職坊守を中心としてご門徒共々復興に力をそそぎ、庫裡・本堂が再建され、現在にいたる礎が築かれました。